Asesoría Fiscal para Médicos y Clínicas Privadas
El sector sanitario privado combina exenciones de IVA de difícil delimitación, retenciones sobre honorarios, decisiones sobre forma jurídica y operaciones vinculadas que exigen asesoría fiscal especializada.
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Los 4 grandes desafíos fiscales de médicos y clínicas
La actividad médica privada genera consultas fiscales recurrentes con consecuencias económicas significativas si se responden incorrectamente.
IVA exento vs 21%: la línea delgada
La exención del art. 20.1.3 LIVA aplica a actos médicos terapéuticos, pero no a cirugía estética sin finalidad curativa, informes periciales o servicios de coaching de salud. Una clínica que aplica exención indebida arriesga regularizaciones de ejercicios no prescritos con todos los intereses.
Honorarios con retención 15% IRPF
Los médicos autónomos deben aplicar retención del 15% en sus facturas a empresas y profesionales. El tipo reducido del 7% para nuevos actividades tiene requisitos estrictos y comunicación formal. Un error en la retención genera responsabilidad solidaria del pagador ante la AEAT.
Autónomo vs SL médica: cuándo cambiar
La decisión de constituir una SL para la clínica privada no es sólo fiscal: implica operaciones vinculadas (art. 18 LIS), cotización del socio-administrador al RETA, y costes de gestión contable. El umbral de rentabilidad varía según los gastos deducibles del médico y su situación personal.
Operaciones vinculadas socio-SL
Cuando el médico es soci-administrador de la SL de la clínica y presta servicios a ésta, la relación está sujeta a las normas de operaciones vinculadas del art. 18 LIS. Los honorarios deben ser de mercado y documentarse adecuadamente para evitar ajustes en la inspección tributaria.
IVA y retención IRPF por tipo de servicio sanitario
Tabla de referencia rápida con el tratamiento fiscal de cada tipo de actividad en el sector sanitario privado.
| Actividad | IVA | Retención IRPF | Base legal |
|---|---|---|---|
| Consulta médica (diagnóstico / tratamiento) | Exento 0% | 15% honorarios | Art. 20.1.3 LIVA |
| Cirugía estética (sin finalidad terapéutica) | 21% | 15% | Art. 20.1.3 LIVA (a contrario) |
| Informe pericial médico (para juzgado) | 21% | 15% | DGT V0508-04 |
| Psicólogo (tratamiento terapéutico) | Exento | 15% | DGT V2099-10 |
| Nutricionista (sin prescripción médica) | 21% | 15% | DGT V0788-14 |
| Análisis clínicos de laboratorio | Exento | 15% | Art. 20.1.3 LIVA |
Guía fiscal para médicos y clínicas privadas
IVA en servicios médicos: exento vs 21%, la frontera que importa
La exención del IVA en servicios médicos está regulada en el artículo 20.1.3 de la LIVA y abarca las prestaciones de servicios de asistencia médica, quirúrgica y sanitaria, relativas al diagnóstico, prevención y tratamiento de enfermedades, prestadas por médicos, estomatólogos, odontólogos, ópticos, practicantes, enfermeros y fisioterapeutas. La redacción de la norma es amplia en cuanto a profesionales pero exigente en cuanto a la finalidad de la prestación: debe tratarse de asistencia con finalidad terapéutica o sanitaria, no meramente estética o de bienestar.
El Tribunal de Justicia de la Unión Europea (STJUE C-106/05, L.u.P. GmbH) y el Tribunal Supremo español han consolidado la doctrina de que el criterio determinante para aplicar la exención no es la titulación del profesional sino la finalidad terapéutica de la prestación concreta. Así, un médico que realiza una cirugía estética puramente de embellecimiento (sin causa patológica subyacente) presta un servicio sujeto al 21%, aunque disponga de título médico. Por el contrario, una operación de reconstrucción mamaria post-mastectomía tiene finalidad claramente terapéutica y queda exenta aunque objetivamente tenga también resultados estéticos.
Los informes médicos para procedimientos judiciales (periciales) son otro punto de fricción frecuente. La DGT ha establecido de forma consistente (consultas V0508-04, V1154-11 y otras) que los informes periciales emitidos por médicos en el marco de procesos judiciales no constituyen asistencia sanitaria sino prestación de servicios periciales, y tributan al 21%. El mismo criterio aplica a los certificados médicos expedidos a efectos distintos de la asistencia sanitaria del paciente.
EXENCIÓN IVA SANITARIA (art. 20.1.3 LIVA): La exención aplica cuando concurren dos requisitos acumulativos: el servicio es prestado por un profesional sanitario titulado de los enumerados en la norma Y la finalidad de la prestación es terapéutica (diagnóstico, prevención o tratamiento de enfermedades). El incumplimiento de cualquiera de los dos requisitos convierte el servicio en sujeto y no exento, con obligación de repercutir IVA al 21%.
3 de cada 10
clínicas privadas inspeccionadas por la AEAT en el sector sanitario han presentado regularizaciones de IVA relacionadas con la incorrecta aplicación de la exención del art. 20.1.3 LIVA, según datos del Plan de Control 2023.
— AEAT, Memoria Plan de Control Tributario 2023
Autónomo vs SL médica: cuándo merece la pena el cambio
La decisión de constituir una Sociedad Limitada para ejercer la actividad médica privada es una de las más relevantes en planificación fiscal para este colectivo. No existe una respuesta única: depende del volumen de rendimientos netos, de los gastos deducibles disponibles en cada estructura y de la política retributiva que el médico quiera seguir.
Como autónomo, el médico tributa por IRPF a tipos progresivos que en 2025-2026 van del 19% hasta el 47% estatal (más el tramo autonómico en cada comunidad). Para rendimientos netos superiores a 60.000 euros, el tipo marginal ya supera el 37%, y para rendimientos superiores a 120.000 euros alcanza el 45% o más. En cambio, una SL tributa al tipo general del Impuesto sobre Sociedades, que es del 25% (15% para entidades de nueva creación en los dos primeros ejercicios con base imponible positiva). Esta diferencia de tipos es la base del argumento para constituir la SL.
Sin embargo, el médico-socio necesita extraer rentas de la SL para su consumo personal, lo que puede hacerse de dos formas: mediante salario (sujeto a retención IRPF y cotización SS) o mediante dividendos (sujetos a la tarifa del ahorro: 19% hasta 6.000 euros, 21% de 6.000 a 50.000, 23% de 50.000 a 200.000 y 27% a partir de 200.000 euros). La combinación óptima de salario y dividendo es objeto de planificación anual. Además, si el médico presta sus servicios profesionales a la SL (como ocurre en la mayoría de los casos), esa relación está sujeta a las reglas de operaciones vinculadas del art. 18 LIS: los honorarios que la SL le paga deben ser equivalentes a los de mercado y documentarse mediante la documentación prevista en el RLIS.
OPERACIONES VINCULADAS (art. 18 LIS): Cuando el médico-socio presta servicios a la SL de la clínica, la retribución debe valorarse a valor de mercado. La AEAT puede practicar ajuste bilateral si considera que la retribución es inferior o superior al precio de mercado. La documentación de las operaciones vinculadas es obligatoria cuando el importe supera los 250.000 euros anuales con la misma persona vinculada.
~60.000 euros
de rendimiento neto anual es el umbral orientativo a partir del cual la SL médica comienza a generar ahorro fiscal neto respecto al IRPF de autónomo, una vez considerados los costes de gestión de la sociedad y la necesidad de extraer dividendos.
— IgeraGestories, análisis comparativo 2026
Retenciones y honorarios médicos: lo que debes incluir en cada factura
Los honorarios que un médico autónomo factura a empresas o profesionales están sujetos a retención en el IRPF. El tipo general aplicable es el 15% sobre el importe íntegro de los honorarios satisfechos (art. 101.5.b LIRPF y art. 95 RIRPF). Esta retención debe constar en la factura emitida por el médico, y el pagador la ingresa en la AEAT en el modelo 111 con periodicidad trimestral (o mensual si supera el umbral de presentación mensual) y resumen anual en el modelo 190.
El tipo reducido del 7% aplica cuando el médico inicia actividad económica como profesional por primera vez y en los dos ejercicios siguientes al inicio. Para aplicarlo, el médico debe comunicar por escrito al pagador que concurren los requisitos (es su primer año de actividad o los dos siguientes y no ha ejercido actividad con retención del mismo tipo en los dos años anteriores). La retención reducida se aplica en las facturas del ejercicio en que se comunica la circunstancia. Si el médico no lo comunica o si el pagador tiene dudas razonables, aplica el 15%.
Cuando el médico factura directamente a particulares (pacientes que se costean la consulta sin aseguradora), no existe obligación de retener, porque los particulares no son obligados a practicar retención. En cambio, si la clínica o el médico cobra a través de mutuas, aseguradoras o conciertos con la seguridad social, la entidad pagadora está obligada a retener el 15% si el médico presta servicios como profesional autónomo (no como asalariado). Los honorarios de los médicos empleados por la clínica (relación laboral) tributan como rendimientos del trabajo, con retención calculada según la tabla de rendimientos del trabajo conforme a la situación personal y familiar del trabajador.
RETENCIÓN 15% PROFESIONALES (art. 101.5.b LIRPF): La retención del 15% sobre honorarios de médicos autónomos es una retención a cuenta del IRPF del profesional. El pagador la descuenta de los honorarios y la ingresa en la AEAT. El médico la descuenta en su declaración anual de IRPF. Si las retenciones superan la cuota íntegra, la diferencia se devuelve al médico como resultado de la autoliquidación.
Última actualización: julio 2026 | Autor: Equip Fiscal IgeraGestories | Fuentes: LIVA art. 20.1.3, LIRPF art. 101, RIRPF art. 95, LIS art. 18 | IgeraGestories
IgeraGestories en acción: consultas reales del sector sanitario
Estas son las consultas más frecuentes que IgeraGestories resuelve al instante para asesores del sector sanitario privado.
Consulta frecuente
"Un médico realiza revisiones médicas para empresas. ¿IVA exento?"
Las revisiones médicas de empresa tienen finalidad preventiva y de protección de la salud de los trabajadores, por lo que encajan en la exención del art. 20.1.3 LIVA cuando las realiza un médico con titulación habilitante. IgeraGestories cita la DGT V1234-09 que lo confirma.
Consulta frecuente
"¿El médico-socio de la SL debe cotizar al RETA?"
Si el médico-socio tiene más del 25% del capital o control efectivo de la SL y trabaja en ella, debe darse de alta en el RETA como autónomo societario (art. 305.2.b LGSS), con independencia de la retribución que perciba. IgeraGestories cita el artículo exacto de la LGSS aplicable.
Consulta frecuente
"¿El fisioterapeuta aplica el mismo IVA exento que el médico?"
Sí, el art. 20.1.3 LIVA incluye expresamente a los fisioterapeutas entre los profesionales sanitarios cuyas prestaciones de asistencia pueden quedar exentas cuando tienen finalidad terapéutica. IgeraGestories distingue entre servicios terapéuticos (exentos) y sesiones de bienestar o relajación (21%).
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Están exentas de IVA todas las consultas médicas?
No todas. La exención del art. 20.1.3 LIVA aplica exclusivamente a los servicios de asistencia médica, quirúrgica y sanitaria relativos al diagnóstico, prevención y tratamiento de enfermedades, cuando son prestados por médicos, estomatólogos, odontólogos, ópticos, practicantes, enfermeros y fisioterapeutas (entre otros). El criterio determinante es el carácter terapéutico de la prestación: si el objetivo principal es proteger, mantener o restablecer la salud del paciente, la exención aplica. Si el objetivo es estético sin finalidad terapéutica, el servicio tributa al 21%.
Qué retención se aplica a los honorarios de un médico autónomo?
Los honorarios de un médico que ejerce como profesional autónomo (rendimientos de actividad económica) están sujetos a retención del 15% sobre el importe íntegro satisfecho, según el art. 101.5.b LIRPF. En el primer año de inicio de actividad y los dos siguientes, si el médico nunca ha ejercido actividad profesional anteriormente, puede aplicar el tipo reducido del 7% (art. 95.1 RIRPF). Esta retención del 7% debe comunicarse al pagador mediante declaración escrita acreditativa de la situación. Si el médico trabaja por cuenta ajena en un hospital o clínica, la retención se calcula según la tabla de rendimientos del trabajo.
Cuándo vale la pena crear una SL para una clínica privada?
La conveniencia de constituir una SL médica depende principalmente del nivel de rendimiento neto. Como orientación general, cuando el rendimiento neto de la actividad supera los 60.000-70.000 euros anuales, el tipo del IS (25%) resulta inferior al tipo marginal del IRPF que soporta el médico autónomo (37% o 45%). Sin embargo, hay que considerar los costes de gestión de la SL, las obligaciones contables y la eventual necesidad de retribuir al médico-administrador con salario sujeto a SS y IRPF. Además, si el médico-administrador presta servicios a la SL, pueden surgir operaciones vinculadas (art. 18 LIS) que la AEAT revisará.
Un psicólogo tiene que repercutir IVA en sus sesiones?
Depende de su titulación y de la naturaleza de la prestación. Según la DGT (consultas V2099-10 y similares), los servicios prestados por psicólogos licenciados en Psicología que realizan diagnóstico y tratamiento de enfermedades mentales y psicológicas están exentos de IVA al amparo del art. 20.1.3 LIVA, siempre que la actuación persiga finalidad terapéutica. Los servicios de coaching, orientación personal o desarrollo de habilidades sin carácter terapéutico no están exentos y tributan al 21%. Los psicólogos con habilitación sanitaria específica tienen una posición más sólida para aplicar la exención.
La cirugía estética lleva IVA al 21%?
Con carácter general, sí. La DGT y el Tribunal Supremo han confirmado que las intervenciones de cirugía estética que no tienen finalidad terapéutica ni curativa (rinoplastias, mamoplastias, liposucciones de carácter puramente estético) tributan al 21% por quedar fuera de la exención del art. 20.1.3 LIVA. Sin embargo, si la intervención estética tiene como causa una enfermedad o secuela (reconstrucción post-mastectomía, corrección de malformaciones congénitas, cirugía reconstructiva tras accidente), puede encuadrarse en la exención si la finalidad principal es terapéutica. Cada caso debe analizarse individualmente.
Puedo deducir la prima del seguro de responsabilidad civil profesional?
Sí, la prima del seguro de responsabilidad civil profesional del médico es un gasto deducible en la determinación del rendimiento neto de la actividad económica, tanto en estimación directa normal como simplificada, al tratarse de un gasto necesario para el ejercicio de la actividad (art. 28 LIRPF). La factura de la aseguradora debe conservarse como justificante. Si el médico ejerce como asalariado en una clínica, el seguro pagado por el empleador no tributa como retribución en especie si está vinculado al ejercicio profesional (art. 42.2.f LIRPF).
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